Создано первое интерактивное Древо Жизни

Создано первое интерактивное Древо Жизни

Все живые существа на одной схеме.

Французский эволюционный биолог Дамьен де Вьен (Damien M. de Vienne) из Лионского университета создал Lifemap — не имеющую аналогов интерактивную карту всех известных видов живых существ на Земле, существующих и вымерших.

Пользоваться ей может любой желающий.

На данный момент содержится информация о 802 639 (в версии для широкой аудитории) видах, существующих и вымерших.

Lifemap состоит из трех основных групп (доменов), выделение которых предположил в 1990 году основатель молекулярной филогенетики Карл Вёзе. Первый домен — археи, одноклеточные организмы, не имеющие ни ядра, ни других органелл: в Древе сейчас есть 3733 вида архей. Вторая — бактерии (277 426 видов), третья — эукариоты, то есть организмы, в клетках которых есть ядро (521480 видов на сегодняшний день в Lifemap general public). К таким относится множество живых существ от мухомора до человека.

На все узлы древа можно нажать, чтобы получить подробную информацию о таксоне или виде. В строку поиска можно вводить английское или латинское название вида или другого таксона. С помощью команды View full ancestry можно проследить эволюционную историю выбранного вида, а заполнив вторую поисковую строку, можно найти ближайшего общего предка любых двух видов, относящихся к одному домену. При этом система выдает полный кликабельный список всех предков обоих видов вплоть до ближайшего общего.

Сейчас Tree of Life существует в трех вариантах, в которых различаются и само древо, и количество и источники сопроводительной информации. Версия для широкой аудитории (Lifemap general public) включает возможность добавлять в описания видов изображения и ссылки на статьи в Википедии, а если соответсвующей статьи нет, пользователю предлагается ее создать.

Версия Lifemap NCBI содержит всю таксономию по данным NCBI и обновляется раз в неделю. Кликнув на нужный узел древа, пользователь получает дополнительные сведения о количестве видов в таксоне, ссылку на веб-страницу NCBI с описанием таксона и возможность скачать соответствующий участок древа. При желании в этой версии можно создать дополнительный слой и в нем показать все виды указанного таксона, геном которых уже секвенирован.

Третья версия называется Lifemap OTOL (Open Tree of Life). В нем пользователь увидит филогенетическое древо согласно OTOL, о которой рассказывалось выше.

Подробное описание Lifemap опубликовано в журнале PLOS Biology.

masterok.livejournal.com/3317331.html

Обсудить у себя 1
Комментарии (0)
Чтобы комментировать надо зарегистрироваться или если вы уже регистрировались войти в свой аккаунт.

Войти через социальные сети: